Nach dem Konfessionswechsel von Wolfgang Wilhelm von Pfalz-Neuburg wurde auch in Monheim wieder die katholische Konfession verbindlich - sieht man vom kurzen schwedischen Zwischenspiel 1633 einmal ab.
In der Pfarrkirche wurde der Hauptaltar am 29. September 1618 geweiht. Das bezeugt eine bei der Restauration 1908 im Altar gefundene Urkunde.
Die Kirche und die Seitenaltäre dagegen wurden erst am 6. August 1666 geweiht.
Im Jahr 1700 erhielt Monheim auch wieder Reliquien der heiligen Walburga. Am 12. Oktober 1700 konnte der Monheimer Stadtpfarrer größere Reliquien der Heiligen aus Eichstätt in Empfang nehmen.
An dieses Ereignis wurde alljährlich am 12. Oktober in Monheim mit einer Reliquienprozession erinnert.
Diese Tradition erlosch erst nach der Säkularisation im Jahr 1809.
Heute steht der Reliquienschrein in der Walburgakapelle links vom Chor, wo sich auch eine um 1700 in Augsburg gefertigte Silberstatue der heiligen Walburga befindet, die bei der Säkularisation durch eine Ablösezahlung gerettet werden konnte.
Die Kirche wurde um 1730 barock stuckiert und 1803 ersteigerte der Monheimer Landrichter, Johann Adam Graf von Reisach, für ihre Innenausstattung fünf Barockaltäre aus der Klosterkirche der aufgehobenen Abtei Kaisheim, von denen vier in die Kirche kamen.
Von 1908 bis 1911 wurde die Pfarrkirche durch den Augsburger Architekten Michael Kurz im Jugendstil restauriert und am 27. September 1910 erneut konsekriert.
Nach Abschluss der Restauration 1911 erhielt die Walburga-Kirche wieder Reliquien aus Eichstätt.
(Zusammenfassung aus Kirchenzeitung Bistum Eichstätt Ausgabe Nr. 30 – Klaus Kreitmeir)